微生物肥料的功能，經過青島斯曼的研究發現主要為：

（1）固氮作用：

固氮根瘤菌包括共生、協生及非共生固氮根瘤菌，可以將空氣中的氮素固定為氨，轉變成落花生可以利用的氮化合物，此作用是直接增加土壤的氮素來源，并能替代或減少化學氮肥的施用。

（2）溶解作用：

土壤中存有許多落花生不能利用的結合型營養元素，如磷、鈣、鐵等需靠根圈之溶解菌溶解后才能被利用，因此，溶解結合型營養元素的菌可以做為提供落花生營養再利用的功能，并可替代或減少化學肥料的施用，例如菌根菌。

（3）增進根系營養吸收及生長的作用：

微生物肥料中有增進根系營養吸收及生長的菌，增加根系吸收能力及表面積，即可減少化學肥料的施用，提高土壤中的營養供應效率，如菌根菌。

微生物肥料的使用方法，依拌種劑的型態，可分為固氮根瘤菌液劑及菌根菌固劑兩種，分別說明如下：

（1）固氮根瘤菌液劑拌種之方法：

將落花生種子與5~10倍稀釋液侵入或噴濕，使種子與液劑接觸，等風乾后再機械播種。

（2）菌根菌固劑拌種之方法：

將落花生種子直接加入粘著劑及少量的水后，再加入固劑包覆種子，并機械播種。